Высшим органом Фонда является единственный акционер.

Права и обязанности единственного акционера Фонда устанавливаются Законом Республики Казахстан от 13 мая 2003 года №415 «Об акционерных обществах» с учетом ограничений, установленных Законом о социальном страховании.

Единственным учредителем и участником Фонда является государство в лице Правительства Республики Казахстан.

В соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан от 27 февраля 2004 года №237 «О создании акционерного общества «Государственный фонд социального страхования» права владения и пользования государственным пакетом акций переданы Министерству труда и социальной защиты населения Республики Казахстан.